En Portugal, el trabajador deberá ir al médico asignado presentando el formulario S1, y el médico procederá a emitir los correspondientes justificantes de baja, confirmación de baja y alta.

De esta forma, la entidad gestora o la mutua de accidentes de trabajo y enfermedades profesionales emitirán un justificante de la enfermedad según los diagnósticos e informes médicos correspondientes.

De acuerdo con el art. 34 del Reglamento CE nº 987/2009, cuando la enfermedad profesional sea diagnosticada por primera vez, en un Estado miembro distinto del Estado miembro competente, en este caso Portugal, la declaración o notificación de la enfermedad profesional deberá hacerse siguiendo la legislación española.

Las prestaciones e indemnizaciones a las que podría tener derecho el trabajador serán pagadas y calculadas según la legislación de la Seguridad Social española.

Por tanto, el trabajador podrá ir tanto al centro de salud correspondiente en España o Portugal y solicitar el justificante de baja médica para tener derecho a las prestaciones por incapacidad temporal.

En España, deberá ir a la correspondiente mutua de seguros, que procederá ya sea con la baja del trabajador o con las prestaciones e indemnizaciones a las que podria tener derecho.

En Portugal, la solicitud será hecha en el Serviço Nacional de Saúde (SNS) o Centro de Saúde que corresponda al trabajador, debiendo presentar el formulario D.A.1 (antiguo E-123), que certifica el derecho a recibir tratamiento médico con condiciones especiales reservadas a los accidentes de trabajo o las enfermedades profesionales en otro país de la UE. En dicho formulario constará la mutua del país responsable. Los médicos del Serviço Nacional de Saúde (SNS) y el Centro de Saúde tramitarán un justificante de la enfermedad según los diagnósticos e informes médicos correspondientes.

Una vez obtenido el justificante de baja, el trabajador deberá ir a la correspondiente institución de la Seguridad Social en Portugal, que tramitará la correspondiente baja a través del formulario E-116 y lo remitirá al Instituto Nacional de la Seguridad Social (INSS) español y este a la correspondiente mutua, funcionando como mecanismo de enlace entre los dos países.